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《黄帝内经》把精看成是构成生命体的基本物质，也是生命的原动力。在《灵枢·经脉》还描绘了胚胎生命的发展过程:“人始生，先成精，精成而脑髓生。骨为干，脉为营，筋为刚，肉为墙，皮肤坚而毛发长“。这种对生命物质属性和胚胎发育的认识是基本正确的。
《黄帝内经》所说的五脏，实际上是指以肝心脾肺肾为核心的五大系统。
以心为例:心居胸中，为阳中之太阳，通于夏气，主神明，主血脉，心合小肠，生血、荣色，其华在面，藏脉、舍神、开窍于舌、在志为喜。在谈心的生理、病理时，至少要从以上诸方面系统地加以考虑才不至于失之片面。因此可以每一脏都是一大系统，五大系统通过经络气血联系在一起，构成一个统一体。这五大系统又按五行生克制化规律相互协调、资生和抑制，在相对稳态的情况下，各系统按其固有的规律从事各种生命活动。
人是阴阳对立的统一体，这在生命开始时已经决定了。具有生命力的父母之精相媾，也就是阴阳二气相媾，形成了生命体。生命体形成之后，阴阳二气存在于其中，互为存在的条件。相互联系、相互资生、相互转化，又相互斗争。
从人体的组织结构上看，《黄帝内经》把人体看成是各个层次的阴阳对立统一体，还把每一脏、每一腑再分出阴阳，从而使每一层次，无论整体与局部、组织结构与生理功能都形成阴阳的对立统一。
《黄帝内经》认为人与自然息息相关，是相参相应的，自然界的运动变化无时无刻不对人体发生影响。《素问·宝命全形论》说:“人以天地之气生，四时之法成“。是说人和宇宙万物一样，是禀受天地之气而生、按照四时的法则而生长。人生天地之间，必须要依赖天地阴阳二气的运动和滋养才能生存。
人体的内环境必须与自然界这个外环境相协调、相一致，这就要求人对自然要有很强的适应性。《灵枢·五癃津液别》说:“天暑衣厚则腠理开，故汗出。……天寒则腠理闭，气湿不行，水下留于膀胱，则为溺与气。“这显然是水液代谢方面对外环境的适应。人的脉象表现为春弦、夏洪、秋毛、冬石，同样是由于人体气血对春夏秋冬不同气候变化所做出的适应性反应，以此达到与外环境的协调统一。如果人们违背了春生夏长秋收冬藏的养生之道，就有可能产生病变。就是一日之内、日夜之间，人体也会随天阳之气的盛衰而相应变化。如果违反了客观规律，也会受到损害。
人与自然这种相参相应的关系在《黄帝内经》中是随处可见的。无论是生理还是病理，无论是养生预防还是诊断与治疗，都离不开这种理论的指导。
老子在《道德经》云:“有物混成，先天地生。寂兮寥兮，独立而不改，周行而不殆，可以为天下母。”