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用时，需要目标基因的上游存在一个特定的短的碱基序列，我们称之为pAm序列。如果实际操作中，目标基因上游到处都没有pAm序列，那么即使小剪刀找到了正确位置，也无法咔嚓一刀剪下去。
最后，小剪刀也是有脾气的。有时，它的GpS没有找到完全匹配的dNA片段，但小剪刀就是想剪。于是它便会随便找一段类似的dNA片段，咔嚓一下剪下去。然后转身就走，深藏功与名。
以上三种情况，在专业术语里，叫做“脱靶”。
小剪刀很好用，但奈何小剪刀经常不做人。因此，这项技术的实际效果，目前来说并不理想。