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由左右水军大都督各一人掌事，正二品。
下设水军都督同知，从二品；水军都督佥事，正三品；水军都军正四品，水军左右参军各一，正五品以上；水军督军左右断事各一，正六品以上。
另外水军各战船指挥将领，按战船大小任命相应品级的武官担任。
水军都督府下设内河水军司，海域水军司，战船都造司，水军练兵司，水军军储仓等五个下属部门。
内河水军司，负责巡视内陆河流湖泊，清剿河湖内的水匪，保护内陆水域安全。
海域水军司，负责巡视大唐四周海域，清剿海域内的水匪，查验外来船只，驱逐清剿入侵的外来战船。
同时与兵部，户部，财部，工部合作，核查四周海域中的岛屿，绘图立石碑宣示领地权，在岛屿上寻找金银铜铁等矿产，增加国库财源，水军和各部可各分润一些所得财物。
寻找各种可食用和移植的食物，让大唐百姓拥有更多可食之物。
战船都造司，管辖各地造船厂，负责水军各种战船设计建造等事务。
水军练兵司，负责水军新兵专业训练。
水军军储仓，负责保管水军军用物资等。
军法寺：负责审理决断军中刑罚，在职将士犯法全部交由军法寺审理判决。
军法寺由一名军法寺卿掌事，正二品；军法寺少卿两人，正三品；军法寺丞五人，正四品等辅助管理。
寺正人数不定，正五品，主掌案件审理判决。
军法评事官，正七品，协助寺正审案。
军法寺主薄，正八品；录事，从八品；司直，正九品；军狱丞，正九品；各司务，从九品。
军法寺下设军狱，由军狱丞管理，负责看管关押违法将士。
另外如今的京畿军队设置过于繁琐，应该进行合并重组。
将守卫皇城，皇宫和东宫的军队合并为一，改称锦衣卫，设锦衣卫南衙和锦衣卫北衙，各由一位锦衣卫指挥使掌军。
锦衣卫指挥使正三品，其下设，指挥同知从三品，指挥佥事正四品，镇抚使从四品，千户正五品，副千户从五品，百户正六品，试百户从六品，总旗正七品，小旗从七品。”
：()大唐来的重生恪