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这种情况下，南北双方展开了谈判，但谈判是用实力来说话的，而其中最为重要的就是军事实力，也只有强大的军事实力才能让人挺直腰板说话，所以，南方只能依附实力强大的北方。
而这个时候，手握重兵，有粮有钱，甚至还有很多国家支持的袁世凯就成了最有话语权的人！
在谈判结束之后，清朝最后一个皇帝溥仪退位，而袁世凯也如愿以偿的成为了民国的大总统！
这就标志着北洋军阀的正式建立，自此也展开了中国长达16年的北洋军阀统治时期。
1912至1916年都处于袁世凯的统治之下，这个时候的袁世凯可以说是权势滔天，但他仍然不满足于只当一个大总统！
所以，他修改了法条，将内阁制改为总统制，又将国会的全力全部拿到了自己的手上，从而强化自己作为总统的权力和地位，但哪怕是这样，他还是不满足，最后更是直接“称帝”，以此来满足自己的私心！
但袁世凯这样的行为却惹怒了跟随他的军阀们，同时也给他们提供了一个反抗袁世凯的借口和理由，而他手下的嫡系亲兵也因为他称帝的举动，开始离心离德，一时之间，好不容易才稳定下来的局面又变得动荡不堪！
就在袁世凯宣布称帝之后，孙先生发动了“护国战争！”，北上讨伐袁世凯，与此同时，袁世凯内部的势力也分崩离析，北洋军阀的冯国璋开始逼宫，段祺瑞也对袁世凯的征召不理不睬，就这样，袁世凯墙倒众人推，面对这场战争，他没有丝毫的胜算！
无奈之下，袁世凯决定退位继续当民国的大总统，用自己的妥协来挽回局面，可惜的是，分崩离析已经不能挽回了，众人的背叛已经成为了事实。
这个时期虽然明面上还是以袁世凯为主，但北洋军阀内部分裂的局面已经形成，就在他死后不久，北洋军阀便迅速分裂为以吴佩孚、曹锟、冯国璋为首的直系和以段祺瑞为首的皖系，同时，崛起东北占据东北三省的张作霖的奉系，也被算入了北洋军阀行列。