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年号为正朔，永历帝即册封其为“延平王”（郡王），从此亦有人称郑成功为“郑延平”。
清军入关之际，闽南地区呈现混乱的局面，除了明、清的官方部队以外，到处都有土豪、山贼拥据城寨，相互争并，并且就近向百姓课收钱粮，宛如军阀；相较于这些地方势力，郑成功拥有较完善的军备，但却也因为军队太庞大，而领土太少，面临筹集粮饷的重大问题。
1649年（清顺治六年，永历三年）十月，郑成功决定挥兵南下，除打击闽南清军外，也打算沿路收服各地的城寨以为粮源。一个多月下来，从清军手上攻取漳浦、云霄等地，亦平定了达濠、霞美等寨。十一月，郑军攻诏安不克，乃决定转入粤东，经分水关至潮州一带征讨不合作的零星势力；至1650年五月之间，又第次收服了潮阳以及周边许多山寨。
潮州守将郝尚久虽已于1648年（清顺治五年，永历二年）随李成栋反清，但曾袭击施琅、郑鸿逵等部，也曾拒绝郑成功“联军”的要求，并在郑军攻打新墟寨时派兵与之为难，与郑成功素有嫌隙。1650年（清顺治七年，永历四年）六月，郑成功军队行抵潮州，便以郝尚久立场“不清不明”为由，出兵击之；郝部不敌，退守府城，揭阳、普宁、惠来等县尽入郑军之手。
不久后，清军再次攻入广东；郝尚久背腹受敌，负气降清，引清军入潮州城以抗郑军。郑军围困潮州城三月不克、士气低落，又面临粮饷接济问题，只得于八月解潮州围退回闽南。
郑成功退回闽南之后，郑彩、郑联为了拓展实力乃借口郑联在厦门横征暴敛，至使厦门民不聊生。郑成功采取施琅的献策，用计图取厦门。同年中秋，郑成功趁着郑彩离开厦门的时机，前往厦门拜访郑联，郑联大意并未设防，惨遭刺杀身亡。不久，郑彩得知郑联的死讯，更加不敢与郑成功作对，回到厦门便将兵权都交了出来；郑成功自此接收了郑彩、郑联大部分的部队，并且实际取得厦门、金门作为抗清根据地。