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的沉重打击，直接动摇了东晋的根基，在客观上为以刘裕为首的庶族地主集团力量的发展提供了有利条件，为刘宋取代东晋创造了一个契机。也由此，刘裕和儿子刘义隆才重视吸取了东晋灭亡的教训，采取了一系列的轻徭薄役，休养民生，推行恢复社会生产的新举措，减轻了农民负担，给这个苦难的朝代带来了难得的几十年的元嘉之治。
当然，除了引起了封建统治者的高度重视以外，孙恩的起义对道教的发展同样有着深远的影响，直接引起了南北朝的道教的演变，这些演变，甚至是破而后立的演变，最终在这个时代，把道教推上了巅峰。
另外，孙恩和卢循的作乱可以说是开创了中原海寇之始，为后世的海盗们提供了丰富的经验和蓝本，简直就是中国海盗的祖师爷。
一直以来，学术界多认为太平道随着黄巾起义的失败而消失了，最后，我们从孙恩的宗教行为中找找太平道的影子。
五斗米道自从归顺了曹魏以后，逐渐以上层士族为中心，同下层逐渐割裂开来，而太平道则一直坚持以底层为中心，崇尚以暴制暴的太平之路。有学者提出了孙恩所信奉的应该是以江南的巫鬼方术和东部滨海地方性的信仰为主，追随者可以跟着跳海自杀，甚至母亲可以把自己的孩子扔水里，孙恩、卢循都自称将军，大肆杀戮大士族等这些表现，都可以看出太平道的影响力依旧在。而王羲之等高门大族则是以五斗米道信仰为主，从王凝之的请鬼兵助战可以推测出来。此外，孙恩的水仙宣传也是和太平道的有紧密关系的。在《后汉书》中，皇甫嵩大败黄巾军时斩首三万，但赴河死的却有五万多，也就是说多数人是集体跳河自杀了。还有就是十常侍被追杀时，也有选择投河死的，在《三国演义》里也有这段情节。前文已经讲到过，十常侍和张角是有关系的，当年也是约为内应的，所以应该也是信仰太平道的。所以选择水里自杀的方式，在太平道中是一种尸解成仙的方法，孙恩投海并不完全是受地方的信仰或五斗米道的影响，还是有太平道的影子在里面的。
总之，完全割裂开宗教的融合发展性肯定是片面的，我们更应该看到道教的政治性和社会性，把它放到我国文明发展、社会进步的大环境中分析它。