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果以尘世之法论的话，皇上应该永远坐在皇位上，上可以安定圣母的心，下可以使得民众安居乐业；如果以出世之法论，皇上也应该永久做君主帝王，对外可以保护操持佛法的人，对内住一切大权菩萨智所住处。”顺治帝听从了他的谏议，允许蓄发，暂时罢了出家的念头。茆溪森也因此免于被烧死，当月便离开京京城回南方去了。顺治帝虽然不再出家，但内心已然完全受到了佛法的熏陶。
顺治十八年、永历十五年（1661）正月初二，福临安排吴良辅出家为僧。这天他亲临悯忠寺观看吴良辅出家仪式。归来的当晚即染上天花，发起高烧来。他预感病体沉重，势将不支，初六日深夜急召礼部侍郎兼翰林院掌院学士王熙及原内阁学士麻勒吉入养心殿，口授遗诏。王熙、麻勒吉二人退至乾清门下西围屏内，以初七一天的时间撰拟。一共三次进给皇上预览，皇帝三次亲自斟酌，刚到晚上才决定。当夜，顺治帝与世长辞了，终年24岁。
顺治帝福临晏驾后，麻勒吉急忙捧遗诏去奏知皇太后，按遗诏辅政四大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜及信郡王铎尼、大学士洪承畴等，奉了八龄的新主，即帝位于太和殿，这便是皇三子玄晔，拟定年号康熙，次年改元为康熙元年。
顺治帝遗诏实为罪己诏，共罗列十四条罪过，主要是未能遵守祖制渐染汉俗，重用汉官致使满臣无心任事，几乎完全否定了他自己一生中最有光彩的政绩。至于这是否福临本意，即这十四条是否福临过目批准的已无从知晓。但却留给了后世之疑：遗诏公布前先奏知皇太后；遗诏的主要起草者王熙事后对此守口如瓶。因此，人们有理由说遗诏本出太后授意，确实是母亲责备儿子的话。
顺治帝福临崩后，梓宫放在了景山寿皇殿。四月十七日，由再次进京的茆溪行森执行火化仪式。火化后宝宫（骨灰罐）安葬于遵化马兰峪，是为孝陵，庙号世祖，谥号章皇帝。