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很快推进到赣南。清军汉将高进库（高杰原部下）等人攻克重镇赣州。如此一来，这个联结湖南、福建、广东等地的咽喉要地，落入清朝手中。
总领大军的郑芝龙只想割据福建，独享一方，朱聿键自福州出发，直至延平。郑影等人忽然弃新城（今江西黎川）而逃，门户大开。原来郑芝龙早已暗中与洪承畴约降，仙霞岭二百余里，空无一人。清贝勒博洛遂自衢州出发，率兵过岭，长驱入关。降将方国安、阮大铖也随清军入闽，阮大铖病死于随军攻打仙霞关的石道上。方国安途中阴谋反清，被郑芝龙揭发其书信，一门被处死于延平。
隆武帝因清军已攻入仙霞关，闻讯逃出延平，又想取道汀州去江西。隆武帝奔至汀州城在关帝庙，从骑已多半溃散，清军也从后追上，周之藩谎称自己是隆武帝，掩护帝后逃走，自己则舍身战斗。其手杀数十人，最后脑后中箭，坠马被杀。清军继续追杀隆武帝，将军熊纬督二十余人格斗，最后喉咙中箭而死。
恰好总兵姜正希率兵来卫，朱聿键方得入城守御。刚退回城中，忽报城西有明军数百名，竖帜前来，姜正希只道是遗老入卫，开城相应，谁料来者都是敌兵，急忙挥众抵敌，已是不及。那时清兵蜂拥入城，霎时间已将隆武帝曾妃等掳去。姜正希还思截夺，可奈箭如飞蝗，不能上前，部兵多被射伤，只得遁走。清兵掳了朱聿键等，东渡九龙潭，忽听得一声呜咽道：“陛下宜殉国，妾先去了。”清兵忙各注视，见曾妃已跃入水中。
曾妃已死，清兵监守愈严，唐王屡思自尽。既到福州，城内外已统是清兵扎驻，贝勒博洛早袭占福州。清兵牵唐王见博洛，博洛也不细问，令幽系别室。这唐王已偷偷禁食数日，奄奄垂尽，是夕便滴下血泪几许，长叹一声，瞑目而逝。
博洛分兵下漳泉诸郡，闽地尽为清有。郑芝龙即奉表降清，独郑芝龙的儿子郑成功，前蒙唐王赐姓，封为御营中军都督，受明厚恩，不肯归降，率部南下出奔海岛。