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杯，聊申本帅敬意。”说毕，亲自酌酒，递与殷化行。殷化行双手捧杯，一饮而尽，接连又是两杯，殷化行统共饮干，离座道谢。当时清营中欢声雷动，由费扬古飞报捷音。康熙帝大悦，慰劳有加，仍命费扬古留防漠北，自率禁旅还京。
昭莫多之战后，噶尔丹的处境十分困难，部众四散逃亡。噶尔丹欲回厄鲁特，途中闻报僧格之子策妄阿拉布坦占据准噶尔旧疆，伏尔加河流域的土尔扈特汗国阿玉奇汗与策妄阿拉布坦结成了反噶尔丹联盟，沙皇俄国视噶尔丹已成政治包袱而拒绝接纳。噶尔丹欲归无所，窜居阿尔泰山东麓。康熙帝闻噶尔丹穷蹙，召使归降，噶尔丹仍倔强不至。
康熙三十六年（1697年）二月，康熙鉴于噶尔丹拒不投降，再次下诏亲征。渡过黄河，到了宁夏，命内大臣马思哈，将军萨布素，会费扬古大军深入，并檄策妄阿拉布坦助剿。噶尔丹闻清大军又出，急遣子塞卜腾巴尔珠尔到回部借粮。回部在天山南路，当噶尔丹强盛时，亦归服噶尔丹，不过此次回人将其子拘住，囚献清军。
噶尔丹筹粮无措，不知所为，左右亲信，又相率逃去，或反投入清营，愿为清兵向导。当时留在噶尔丹身边亲信仅有阿拉尔拜、讷颜格隆二人，“其余下属不及百人，牛羊则全无，捕兽而食，不获兽则杀马驼以食”。康熙帝遣了两个准噶尔人去劝降，又被噶尔丹拒绝。噶尔丹自言自语道：“中国皇帝，真是神圣，我自己不识利害，冒昧入犯，弄得精锐丧亡，妻死子虏，今进退无路，看来只好自尽罢了。”遂即服毒而死。
噶尔丹帐下只遗一女，噶尔丹死后，护从丹济拉等火化其遗体。携骨灰与噶尔丹之女钟察海率部准备降清。但策妄阿拉布坦派遣的堪都等尾随而来，将其截住捆绑起来，送交清朝。康熙帝颁诏特赦，命丹济拉为散秩大臣，噶尔丹子塞卜腾巴尔珠尔也得了一等侍卫，俱安插张家口外，编入察哈尔旗。
至此康熙帝平定噶尔丹叛乱之战始告结束，漠北喀尔喀西境千余里地区重新统一于清朝，纳入清朝版图，朔漠悉定，康熙帝铭功狼居胥山而还。