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真实的，但是属灵的身体。这种主张，后被称为灵性的“真实存在论”。加尔文还在可见的教会和不可见的教会之间作了明确划分，并强调教会自治的原则。
虽然他在《基督教要义》中未另辟一章节还清楚说明他的圣灵论，但是从他的论述中可以知道他对圣灵工作的观点。对加尔文来说，上帝的灵与上帝的工作同时进行，而促成人的“相信”，当圣灵在人心中运行光照人心，使人在读了上帝的话而产生信心。所以人非用理性接受信仰，亦非用理性确认圣经的权威，而是圣灵那奥秘的力量所做的工作。
虽然救赎预定论是他倡导的神学遗产，但主要架构非他独创或原创。就救赎预定论可分“救赎”及“预定”两点来说，对于预定，加尔文认为，得不得救在乎神的拣选，人的选择在这件事上是毫无主权的。至于人们疑惑为什么有人不被捡选，他引用了申命记29：29：“隐密的事是属耶和华我们上帝的，惟有显明的事是永远属我们和我们子孙的，好叫我们遵行这律法上一切的话。”人不可能理解上帝为什么施恩于人，属神的心意，人无法明白，但对于拒绝救恩，人类依然需负责任。
至于救赎他发展了马丁·路德所提出的因信称义之论述。这个论点起初由奥古斯丁所提出，直到马丁·路德时发展出“法庭式的称义”。二人不同在奥古斯丁认为“义”是内在的，当神赐给人恩典时，“义”便成为人的一部分。对马丁·路德及加尔文而言，这“义”是属外在的，是“算作”、“当作”、“归给”，人依然是罪人，只是在人们因着信神就算我们“为义”。而加尔文更提出“双重恩典”说，在神的眼中算为义是恩典之一。第二个恩典则是：当人接受耶稣与基督联合之时，信徒便可进入更新的过程，使其内在生命更像基督。
加尔文的教会论涵盖非常广，包括了基督徒的自由、教会的权柄、真教会的基本特质等，其中他所认为真教会的特质应该包括了：“传扬圣道”及“遵行圣礼”。所以传福音、聆听上帝的话及遵行圣礼都是十分重要的。圣礼的定义加尔文对圣礼的定义是：“神赐恩给我们的证据，是一种外在的印志，和我们对他的敬虔之互相印证，加以确认。”
其中必要圣礼特别是指“洗礼”与“圣餐”。“洗礼”：加尔文认为洗礼是基督徒的第一个圣礼，是加入教会的表记，好叫人们被接入基督，成为神的儿女。加尔文反对私人洗礼，因为他认为洗礼与圣餐是教会的公共圣职，私人不可擅自施洗，且受洗者必须要先充分明白真理，才可施洗。
加尔文强调通过圣餐，使得信徒得以与基督连结。他并不重视饼跟杯，他主张“在圣灵里耶稣基督身体真实的临在”。也就是说，人在圣灵里改变而体验到耶稣基督的临在，体验到耶稣基督的身体与血。但是在领受圣餐时，必须传扬神的道。所以对于当时天主教保留饼和杯，给生病无法前来的信徒或是王公贵族举行私人弥撒，这些作法加尔文并不赞成，因为他认为不在崇拜及充分宣扬上帝的话之场合领受圣餐，是没有意义的。
改革宗彻底与天主教分裂，称新教或更正教。