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林的研制工作正式启动。沈修文除了当初告诉了曾家辉用冷冻干燥法来提纯盘尼西林外，在和曾家辉临别的时候，沈修文还特意告诉曾家辉，有一种甜瓜能大量产生盘尼西林，能够在用玉米制成的培养液中生长。自然，沈修文也把这个巨大的发现归功于没有留下任何研究资料，丧生在火灾中的布莱尔博士。
时间过的很快，一转眼到了一九三五年年底。曾家辉对盘尼西林的研制取得了重大的进展，首先用冷冻干燥法成功地提取了盘尼西林的晶体，而且也取得了精准的参数。其次首次用盘尼西林对注射了致死链球菌的小白鼠进行了实验，获得了成功，盘尼西林能够有效地杀灭链球菌。这些实验的成功，沈修文要求严格的保密，在盘尼西林没有正式研制出来，没有在全世界范围内注册专利之前，一切都不得泄露。不过，沈修文告诉曾家辉的能够可供大量提取盘尼西林霉菌的那种甜瓜和用于制作培养液的玉米粉始终没有找到。这也使得盘尼西林即使能研制出来，也不能大规模的生产。
尽管盘尼西林没能在短时间内为辉瑞制药公司产生效益，好在洪俊伟经营有方，再加上随着美国经济的不断复苏，凭借这辉瑞制药原来的老产品“柠檬酸”，倒还不至于亏损，勉强维持着。
盘尼西林好事多磨，国内的形势也是风起云涌，十月红军的三大主力在陕北会师，而同月日本又在华北策动了“华北五省自治”。十二月九日，北平学生发动了着名的“一二九”运动。要求政府抗日。
于此同时，国民政府在倾力剿共的同时，也逐步看清了日本人对中国的野心。在德国顾问的指导下，开始修建吴福线、锡澄线等国防工事，修建和扩大兵工厂，同时宣布在必要时川、云、贵、陕将作为抗战的后方基地。
一九三五年年底，已经驻防在万县快十个月的八十八师突然接到命令，返回南京，接受整编。同时接到这份命令的还有已经调回南京的第八十七师和第三十六师，这三个师将作为即中央军校教导总队之后，第一批被整编换装为德械师。